Establecimiento de la microbiota en recién nacidosdistintos escenarios y metodologías

Resumen

La adquisición y el establecimiento del microbioma condiciona la salud del resto de nuestra vida e influye en la predisposición a patologías o el agravamiento de enfermedades de base. Conocer las dinámicas que ocurren en este ecosistema ayuda a identificar terapias antibióticas alternativas bajo una perspectiva ecológica. Múltiples herramientas abordan la complejidad de la microbiota y es necesario identificar las fortalezas y debilidades de cada una. Estas tecnologías también han reformulado los conceptos de brote y virulencia. El análisis de la microbiota intestinal de recién nacidos con FQ mediante metaproteómica y secuenciación de amplicones reveló que la identificación taxonómica es similar, pero se detectaron importantes diferencias en las proporciones estimadas de ciertas bacterias. La secuenciación de amplicones detecta menor abundancia de Bifidobacterium, pero sobreestima ciertos géneros de los filos Firmicutes y Proteobacteria, lo que se asocia con los sesgos y limitaciones de ambas metodologías. Además, se identificó a Ruminococcus gnavus como bacteria anaerobia metabólicamente activa en el intestino de estos recién nacidos directamente relacionada con un estado de inflamación humana. El estudio longitudinal de la microbiota intestinal y respiratoria de esta cohorte de neonatos con FQ ampliada mostró algunas discrepancias entre la secuenciación de amplicones y las técnicas clásicas de cultivo. Se observó un núcleo compartido de géneros bacterianos entre ambos nichos, incluido a nivel de clones de aislados. Destacó una alta dominancia de Streptococcus en las muestras respiratorias y de Bifidobacterium en las intestinales. Cada persona presenta clones específicos, aunque en ocasiones se encontraron en más de un paciente. El análisis comparativo entre la implantación de la microbiota intestinal de prematuros ingresados en una UCIN bajo el contexto de un brote nosocomial causado por Serratia marcescens y la de otra cohorte de prematuros ingresados en un periodo sin brote demostró que la colonización intestinal por S. marcescens impacta al resto de la microbiota. Los aislados causantes de este brote contemporáneo mostraron similitudes genéticas con aislados históricos del mismo hospital obtenidos 47 años antes durante otro brote, los cuales a su vez se relacionaron con las cepas clínicas de los repositorios públicos. El estudio de la eficiencia de depredación y la tasa de depredación intraespecífica de cepas de Bdellovibrio bacteriovorus 109J sobre colecciones de patógenos clínicos mostró que es necesario estudiar la susceptibilidad presa y depredadora-específica, tal y como se hace con la susceptibilidad antibiótica clásica, para continuar con las evidencias prometedoras de que estas bacterias pueden servir para controlar infecciones