商業出版の単行本は「上質紙」 同人誌は、それよりもちょっといい「上質紙」または「コミック紙」 であることが多いですので、紙質が良い気がするのは合っています。

そうでもないです。ピンキリです。 ただ、大手出版社は製紙工場との共同研究で質と値段のバランスが取れた独自の紙を開発して使っていますが、そういった紙は広く流通するわけでもないので、パンフレットや卒業文集やフォトブックなどの一般的な印刷を行う業者が仕入れることは困難です。 同人誌印刷は漫画本印刷ではなく、パンフレットや卒業文集に近い印刷方式であり、手がける業者もそちらを行う印刷所です。 そのため商業で流通する単行本の紙ではなく、パンフレット印刷で使う紙を用いることになり、見た目しっかりした高価な紙を使うことになるんです。 繰り返しになりますが、ピンキリです。 同人誌印刷所が製紙会社と作った紙もありますし、再生紙ブームの頃はザラザラとしたヤスリみたいな紙の同人誌もかなり出回りました。 (好まれなくなったのは、経年劣化が激しく、長期保存に向かないからです)