ご友人のアメリカ人が「別に使っても大丈夫」と言っているのに「本当のところどうなのでしょう」というのはどういうことでしょうか。 質問者様の言う「本当のところ」というのはアメリカで使われている英語ではないところにあるということでしょうか。 アメリカのご友人のほうが、少なくとも日本人の英語学習者に聞くよりは実情に近いことが聞けると思いますよ。

しいて言うなら主客転倒する場合は使いません。 例えばタクシーから降りて運転手さんにチップをあげるとしますね。 運転手さんが Ｔｈａｎｋ ｙｏｕ と言うとしますね。こういう場合に 客がｙｏｕ’ｒｅ ｗｅｌｃｏｍｅと運転手に言うのはおかしいでしょう。 レストランやホテル、機内も同じく 客とウエイトレス、客とボーイ 客と機内アテンダント、買い物での客と店員など このときのＴｈａｎｋ ｙｏｕに対して ｙｏｕ’ｒｅ ｗｅｌｃｏｍｅ の応対 を想定してみて下さい。 客はＴｈａｎｋ ｙｏｕ は言ってもｙｏｕ’ｒｅ ｗｅｌｃｏｍｅ は言わないよね。 Ｔｈａｎｋ ｙｏｕ と言われた時に客が言うとすれば せいぜい Ｉｔ’ｓ ｖｅｒｙ ｋｉｎｄ ｏｆ ｙｏｕ くらいでは。 あ、レストランの場合は違うか・・・ 店を出るとき Ｔｈａｎｋ ｙｏｕ と言われたら おいしかったら Ｖｅｒｙ ｇｏｏｄ、Ｉ’ｌｌ ｂｅ ｂａｃｋ ａｇａｉｎ、又来るね かな

たしかに、thank youと言ったあとネイティブは大抵you are welcomeと返してくれますけど。。 どこが不自然なのかしら・・・？

You're welcome.は普通に使われます。 不自然な理由がありません。 My pleasure.などの表現もあります。 It was the least I could do.という凝った表現もあります。 補足 知り合いのネイティブはMy pleasure.を使いますね。 彼に確認したところ、You're welcome.は問題ないとのことです。 他の回答でYou're welcome.が不自然な例が示されていますが、その指摘通り、文脈によっては「高飛車」に聞こえる場合もあるということかもしれません。 文脈に依存する部分が大きいということですかね。