とりあえず、必要があってRでaffinity propagationを書いてみた。MATLABやCのコードは公開されているけれど、Rのコードは公開されてない。必要なら作るしかない。 Rでちゃんと関数を書く方法がよく分からないので、その辺は適当に。 まずは、Rでdata.frame間の距離を測ってmatrixにする - fukuitの日記 の続き。入力された、データポイント同士の距離を求めて、affinity propagationで言うところの、similarityの行列を作る。この距離はユークリッド距離に限定しちゃってるけど、本来は引数で指定できるようにすべきなんだろうな。そういうのの書き方が分からない。 ちなみに、データポイント同士のユークリッド距離を求めて、ソレを二乗した物に-1をかけている。さらに、そうすると、自身に対する距離は0になってしまって、後々過剰に評価されてしまうので、自