DOI を打ち込むことができるなら、あとは自分でスクリプトを書いて自動化すればいいのでは。 例えば http://simon.net.nz/articles/query-pubmed-for-citation-information-using-a-doi-and-python/ を元にした以下のような Python スクリプトを使えば、DOI を入力して PubMed ID を出力できます。 適当なファイル操作スクリプトを付け加えれば、doi.pdf を pubmedID.pdf に一括してリネームすることもできるでしょう。 あとは pubmedID.pdf を一括して iPapers に drag & drop すれば PDF ライブラリーの出来上がりです。（Windows の場合は知りません） もっと工夫して PDF ファイル中から DOI を探し出すようにすれば、DOI