1964年に実施された「スネークイーター作戦」から10年後。ザ・ボスを失ったスネークは南米コロンビアで私設軍隊を設立し、その指導者となっていた。彼らは国家を捨て、自らの意思で戦う軍隊だったが、海岸に不法占拠している状態だった。 ある日、私設軍隊の副指令カズヒラ・ミラーがコスタリカ国連平和大学のガルベス教授と、その教え子パスを連れてくる。彼らは軍隊を放棄した平和憲法を持つ国・コスタリカに謎の武装勢力が駐軍していると訴えた。そしてスネーク達の拠点として洋上プラントを提供するかわりに、抑止力になって欲しいと願うのだった。しかしスネークはガルベスの正体がKGBだと看破し、その謎の武装勢力がCIAの手によるものだと察知した。コスタリカは「アメリカ大陸のヘソ」であり、軍事上の重要拠点でもあるからだ。祖国との対立を回避すべく断ろうとするスネークに、ガルベスはひとつのテープを聴かせる。それは死んだはずのスネークの恩師であり最愛の人……ザ・ボスの声だった。スネークはザ・ボスの生死を確認するために、ガルベスのミッションを引き受けるのだった。
　FSLN（サンディニスタ民族解放戦線）と協力して謎の武装勢力の実態を調査しているうちに、彼らがコスタリカに核兵器を持ちこんでいることを知る。そして、ヒューイと呼ばれる車椅子の科学者が「ピースウォーカー」という新兵器を開発していたことも判明した。 コスタリカでは、CIAのコールドマンが立案した「ピースウォーカー計画」が遂行されていたのである。その計画とは「高度な人工知能（AI）によって制御された、自動操縦二足歩行型核搭載戦車」を開発、自動かつ確実な核報復体制を築くことで、核抑止力を生み出そうとしていたのである。そのための核弾頭発射テストが、このコスタリカの地で行われようとしていたのだ。 スネークはヒューイと接触し、ピースウォーカーの核実験を未然に防ごうとする。そのためにAIの専門家であるストレンジラブのもとに向かう。彼女はスネークイーター作戦も、ザ・ボスのことも知っており、「最も高潔な人格の持ち主である伝説の兵士「ザ・ボス」をAI「ママルポッド」として甦らせようとしていた。 「ママルポッド」を入手しようとするスネークの前にAI搭載水陸両用戦機「ピューパ」、AI搭載垂直離着陸戦機「クリサリス」、AI搭載超級戦機「コクーン」が立ちはだかる。やがてスネークは「ママルポッド」が搭載された「ピースウォーカー」と対峙するが、コールドマンによって阻止されてしまう。捕えられたスネークは「ママルポッド」にザ・ボスの最期の任務を入力するために、監禁され、尋問を受けるのだった。
　コールドマンたちは「ママルポッド」を完成させ、スネーク達の洋上プラントを目標に「ピースウォーカー」の最初の核実験を行おうとする。起動した「ピースウォーカー」はスネークの排除を第一優先に動くと、戦闘ののちニカラグアにあるアメリカのミサイル基地へ向かった。そしてコールドマンが核発射コードを入力しようとしたとき、ガルベスが現れる。ソ連兵がニカラグア基地を制圧していたのだ。
CIAとKGBの対立、そして核発射直前のピースウォーカー……絶体絶命の中、スネーク達の存亡を賭けた戦いが始まる。