Neil Flynn ist als der namenloser, fieser Hausmeister des Sacred Heart Hospitals in der beliebten Comedy-Serie Scrubs vielen Serienjunkies in Erinnerung geblieben, wo er J.D. acht Staffeln lang das Leben schwer machte.
Der Darsteller beginnt seine Karriere jedoch auf der Theaterbühne und als Mitglied der Second City Comedy Troupe in Chicago. Auf der großen Leinwand erscheint er in „Indiana Jones und das Königreich des Kristallschädels“ (2008) und mimt Lindsay Lohans Dad in „Mean Girls: Der Girls Club“ (2004).
Zu seinem weiteren Resümee zählen die Filme „Wieder allein Zu Haus“, „The Fugitive“ oder „Juniors freier Tag“.
Auf dem Fernsehbildschirm erschien er als Gast in den Comedys Seinfeld, The Drew Carey Show und That '70s Show, aber auch in Krimi-Serien wie C.S.I., Boston Public oder NYPD Blue. Ebenfalls zu Gast war er in Arli$$, Ellen, Family Law und Smallville.
Seit 2009 spielt er eine Hauptrolle als Vater der Bande in der Sitcom The Middle. Nebenbei tritt er mit seiner erfolgreichen Comedytruppe Beer Shark Mice auf.