Biólogo Marino en la universidad española más alejada del mar, la Universidad de Alcalá (UAH), lee su Tesis Doctoral en 1988. En ella se estudian las comunidades marinas de la ría de Foz (Lugo), tema que retomó para evaluar el impacto producido por las obras costeras que afectaron a la morfología de esta pequeña ría cantábrica, y para el estudio posterior de los efectos en las playas de Galicia de la marea negra del Prestige. Su investigación se centra en la ecología de los sistemas litorales. Es especialista en la taxonomía de dos grupos de invertebrados marinos, los nemertinos e isópodos, de los que ha descrito una veintena de nuevas especies.
Como profesor universitario ha impartido una pléyade de asignaturas en la Licenciatura de Biología y en la de Ciencias Ambientales, siendo durante los últimos 35 años responsable de las asignaturas de Biología Marina, Zoología de Campo y Recursos Marinos.
Catedrático de Universidad, sus publicaciones están disponibles en su página web personal (www.juanjunoy.info). Tiene reconocidos seis sexenios de investigación y un sexenio de transferencia del conocimiento. Esto lo valorarán los lectores que sepan de que habla.
Ha organizado el IX Simposio Ibérico del Bentos Marino (1996) y la Fifth International Conference on Nemertean Biology (2000). Ha realizado dos estancias de investigación de un año de duración en la School of Natural Sciences (Liverpool, UK; 1998-99) y la Harvard University (Cambridge, USA; 2009-10). Durante 2015 realizó una estancia en la Universidad Regional Amazónica IKIAM (Tena, Ecuador) como becario Prometeo y en la Base Antártica Española Gabriel de Castilla (Isla Decepción, Antártida). Actualmente está realizando una estancia de investigación en la Universidad de Lodz (Polonia).
Tiene una amplia actividad como divulgador científico, habiendo dictado más de un centenar de conferencias y participado en actividades como la Semana de la Ciencia, Noche de los Investigadores, Pint of Sciencie, etc Es miembro del grupo de monologistas científicos Big Van Ciencia, participando en varias decenas de espectáculos en institutos, universidades, aulas de cultura, museos de ciencia y otras instituciones.