Alexis Aulagnier est docteur en sociologie. Il a soutenu sa thèse "Réduire sans contraindre. Le gouvernement des pratiques agricoles à l'épreuve des pesticides" en septembre 2020 à Sciences Po Paris (Centre de sociologie des organisations). Il a étudié dans ce travail les politiques de réduction d'usage des pesticides en retraçant la mise en oeuvre et l'histoire du plan Ecophyto.
Il a effectué deux postdoctorats portant sur les politiques climatiques locales puis sur la transition écologique de la filière gazière au Centre Émile Durkheim de l'Institut d'études politiques de Bordeaux.