-
1. Pilot
9 september 2008 (42 minuten)
Wanneer een vliegtuig landt op automatische piloot op de luchthaven van Boston, blijkt dat iedereen aan boord dood is. Een mysterieus virus, dat iedereen binnen enkele minuten levend heeft verteerd, heeft zich aan boord verspreid. Olivia Dunham, een FBI agente, wordt belast met deze vreemde zaak. Wanneer haar vriend John Scott (ook een FBI agent) op hun zoektocht naar meer informatie door een ontploffing ook met het virus in contact komt, moet ze samenwerken met Walter Bishop (een gestoorde professor) en zijn zoon Peter om het leven van John te kunnen redden. Maar dat draait helemaal niet uit zoals gepland ...
-
2. The Same Old Story
16 september 2008 (42 minuten)
Olivia, Walter en Peter onderzoeken de vreemde dood van een vrouw die een nog vreemder kind baarde. Ze was slechts een paar uur zwanger, maar al na enkele uren bevalt ze van een volgroeide baby. Die baby is een paar minuten later een oude man van 80 jaar oud en sterft eveneens.
-
3. The Ghost Network
23 september 2008 (42 minuten)
Terwijl ze een schijnbaar terroristische aanslag op een bus onderzoeken, vinden Olivia, Peter en Walter een man die rampen kan voorspellen.
-
4. The Arrival
30 september 2008 (42 minuten)
Het team onderzoekt een cilinder die bij een aanslag in New York ongehavend uit de explosie komt. Olivia ontdekt een relatie tussen verschillende merkwaardige gebeurtenissen.
-
5. Power Hungry
21 oktober 2008 (42 minuten)
Een man die elektriciteit kan controleren, wordt verdacht van enkele moorden. Olivia krijgt visioenen over John, haar partner. Die visioenen zijn het gevolg van het experiment dat ze in de eerste aflevering onderging. Zo ontdekt ze enkele van zijn schuilplaatsen en vindt er een hoop dossiers die verband houden met 'het patroon'.
-
6. The Cure
21 oktober 2008 (42 minuten)
Een man die elektriciteit kan controleren, wordt verdacht van enkele moorden. Olivia krijgt visioenen over John, haar partner. Die visioenen zijn het gevolg van het experiment dat ze in de eerste aflevering onderging. Zo ontdekt ze enkele van zijn schuilplaatsen en vindt er een hoop dossiers die verband houden met 'het patroon'.
-
7. In Which We Meet Mr. Jones
11 november 2008 (42 minuten)
Een parasiet nestelt zich in het lichaam van een stervende FBI agent. Olivia moet naar Duitsland om te weten te komen van een gevangene hoe de parasiet te stoppen.
-
8. The Equation
25 november 2008 (42 minuten)
De ontvoering van een jonge muzikante wordt gevolgd door een aantal lichtflitsen. Dat doet Walter denken aan iets wat hij heeft gezien in het psychiatrisch ziekenhuis waar hij zat. Om de ontvoering op te lossen, maant Olivia Walter aan om terug te gaan naar het ziekenhuis.
-
9. The Dreamscape
25 november 2008 (42 minuten)
De ontvoering van een jonge muzikante wordt gevolgd door een aantal lichtflitsen. Dat doet Walter denken aan iets wat hij heeft gezien in het psychiatrisch ziekenhuis waar hij zat. Om de ontvoering op te lossen, maant Olivia Walter aan om terug te gaan naar het ziekenhuis.
-
10. Safe
2 december 2008 (42 minuten)
Mitchell Loeb gebruikt de uitvinding die hij gestolen heeft in 'The Equation' voor een reeks bankovervallen. Hij steelt hiermee ook een uitvinding van Walter waarmee hij kan teleporteren en bevrijdt zo David Robert Jones uit de gevangenis. David ontvoert Olivia eenmaal hij uit de gevangenis is.
-
11. Bound
20 januari 2009 (42 minuten)
De afdeling wordt doorgelicht. Olivia kan ontsnappen uit de handen van David. Bij haar terugkeer krijgt ze meteen een nieuwe zaak voor de kiezen. Een epidemioloog sterft op een vrij bizarre manier: een eencelige verkoudheidsbacil neemt enorme proporties aan in zijn lichaam. Olivia kan de moord linken aan Mitchell Loeb en hem ook arresteren.
-
12. The No-Brainer
27 januari 2009 (42 minuten)
Het trio onderzoekt de dood van een tiener en een autoverkoper, wiens hersenen gesmolten zijn na het bekijken van een video op hun computer. Alle slachtoffers kunnen gelinkt worden aan een ontslagen programmeur. Maar dan ontvangt Olivia ook de video op haar PC en kan ze nog net op tijd vermijden dat haar nichtje de video te zien krijgt.
-
13. The Transformation
3 februari 2009 (42 minuten)
Een passagier van een vliegtuig ondergaat een angstaanjagende metamorfose tijdens de vlucht. Olivia en Peter moeten voorkomen dat dit geheime 'wapen' verder verspreid wordt. Tijdens het onderzoek komt Olivia meer te weten over haar ex-partner John en zijn verleden.
-
14. Ability
10 februari 2009 (42 minuten)
Duitse agenten onderzoeken de ontsnapping van David Robert Jones en ondervragen Olivia hierover.
-
15. Inner Child
7 april 2009 (42 minuten)
Er is een kind gevonden onder een oud gebouw, het kind moet eerst wennen aan zijn nieuwe omgeving. Ondertussen is Olivia bezig met het onderzoeken van een opnieuw teruggekeerde serie moordenaar. Uiteindelijk geeft het kind steeds hints om de seriemoordernaar te vinden en op te pakken.
-
16. Unleashed
14 april 2009 (42 minuten)
Een groep dierenactivisten wordt vermoord tijdens hun poging een dier uit een laboratorium te bevrijden, dat in de natuur niet voorkomt.
-
17. Bad Dreams
21 april 2009 (42 minuten)
FBI agent Dunham gelooft dat ze willekeurig mensen vermoordt in haar dromen.
-
18. Midnight
28 april 2009 (42 minuten)
Als er een seriemoordenaar steeds vaker toeslaat, doen Olivia, Peter en Walter er alles aan om hem te stoppen.
-
19. The Road Not Taken
5 mei 2009 (42 minuten)
Olivia krijgt plotseling last van visioenen. Ze gebruikt deze om een zaak op te lossen, waarbij een vrouw uit het niets levend verbrandt.
-
20. There's More Than One of Everything
12 mei 2009 (42 minuten)
Een persoon die dichtbij het team staat, wordt aangevallen. Ook keert bio-terrorist David Robert Jones terug. Ondertussen verdwijnt Walter en vraagt Nina Olivia om een gunst.