Il Museo di Anatomia Umana “F. Civinini” venne inaugurato il 15 novembre 1832.
Al suo interno si trovano circa 3400 reperti medici suddivisi in varie sezioni, una notevole quantità di materiale archeologico, una ricca biblioteca storica ed una splendida collezione delle Tavole Anatomiche di Paolo Mascagni.

Pisa è stata una delle prime città universitarie a possedere una Scuola Anatomica: l’insegnamento dell’Anatomia Umana iniziò per volontà di Cosimo I dei Medici che fece costruire un Teatro Anatomico in Via della Sapienza. Proprio in quel periodo, grazie ad Andrea Vesalio (1514-1564) la dissezione di cadaveri umani cessò di essere una pratica clandestina per diventare uno strumento di indagine, incoraggiato e regolamentato da apposite normative.
Furono queste le basi per la nascita del Museo di Anatomia Umana a Pisa.

Il Museo fu istituito per opera di Tommaso Biancini, dissettore e professore di Anatomia, e fu inaugurato con il nome di Gabinetto Anatomico.
Dal 1834 Filippo Civinini ne continuò l’opera di sistemazione e catalogazione, e nel 1841 i preparati conservati erano già1327.
Molto importanti furono i lasciti di privati, in particolar modo le collezioni del chirurgo Giorgio Regnoli (1797-1857) e del figlio Carlo (1838-1873) pure lui medico.
Il Museo di Anatomia Umana occupò fino alla fine degli anni 60 il piano terra della sezione anatomica della Scuola Medico-Chirurgica, poi, per esigenze didattiche, fu trasferito al secondo piano dello stesso edificio, dove si trova attualmente.